厦门市两岸科技交流合作促进中心2006年11月经过厦门市科学技术局、厦门市民政局批准成立注册的具有法人资格的民办非企业，下设秘书处、交流合作处、技术商务处和科技研发处，主要从事科技中介、科技会展、科技交流、科技论坛，是厦门市唯一一家从事海峡两岸科技交流合作的民办非企业单位。

在软科学研究方面，承担了“厦门产业技术开发院科学仪器研发平台”调研编写工作和“厦门市技术创新方法数字平台”调研编写工作，承担了“厦门科技合作调查报告”、“厦门市校院地科技合作长效机制”调研报告，“翔安区科技发展研究报告”等软课题研究。

在科技会展方面，承办了“2007年厦门市市校、院地科技合作对接会”、 “2007年厦门市科学仪器产业成果展”和“厦门科技论坛”，主办“首届海峡两岸新材料发展论坛”，其中“海峡两岸新材料发展论坛”是由中国材料研究会、台湾材料科学学会、国家钨材料工程技术研究中心和厦门市两岸科技交流合作促进中心共同主办，每年将在厦门举行一次。

2008年，将继续承办“重庆大学”、“华中科技大学”、“北京化工大学”和“中科院上海分院”等院校在厦门开展专场技术成果发布会，解决厦门高新企业技术难题。

在科技研发方面上，主办开发了“厦门科技人才网”网上人才招聘系统平台；承办了湖里区科技局“湖里科技网”、集美区科技局“集美科技网”和翔安区科技局“翔安科技网”，开发了这些网站信息系统平台。并即将开发“厦门国际科技合作”信息平台系统和网站建设以及“厦门市企业知识产权管理软件”。

在科技中介方面，2007年和上海技术交易所签订共同建设“上海技术交易所厦门工作站”，专门培训“技术经纪人”；2008年和河北工业大学签订了在厦门建设“TRIZ”（创新方法）基地，专门培训“创新工程师”。

在科技交流方面上，与台湾云林县政府工商发展投资策进会、漳州市云霄县政府签订了在云霄建设“台湾南部工业园”合作框架协议，也和台湾各类组织团体开展了各种有意义的民间交流活动。